扶正祛邪是中医治疗癫痫的两个基本的指导思想。邪指邪气，包括各种能够导致疾病的因素。正就是正气，指人体维持正常机理的机能。中医经典论著《内经·素问》中曾说过，在治疗疾病的过程中，祛邪与扶正是相辅相承的。在治疗癫痫病时，运用镇惊、熄风、解热、止痰、消食、导滞、活血化瘀等法则，它的最终目的都可看作是祛邪，那些能够导致癫痫发作的因素，是必须消除的，否则就不能控制发作，达不到治疗的目的，收不到好的疗效。这是问题的一个方面。还有另一个方面，就是在祛除病邪时，医生多用的是寒凉重坠利下的药。大凡那些久病不愈，身体虚弱的患者，本来多次的程度比较重的发作，已经使他们元气大伤，本身的抗病能力已经大大减弱，在这种情况下，还是一味地重下祛邪的药，他们的身体根本承受不了，必然出现越治越差的局势。最好的办法，就是祛邪和扶正兼用。先得保证患者在治疗过程中有较好的体能，有比较强的抗病能力，才能收到较好的治疗效果，当然，确实属于实症型的病人，本来就身体机能亢进，对他们就得慎重考虑，不能一概而论。
    或许有人会说，患者发作都控制不了，那还能谈得上考虑身体机能呢？你错了，正气不存，病邪更容易入侵，形成发作。我接治过一个小患者，他开始用的是西药治疗，换一个医院，就加服一种西药，到我们医院的时候，四岁的小人儿，每天竟要服用四种抗癫痫西药，而且剂量很大，难怪他双眼痴呆，弱不经风！这样治下去，恐怕是越治病越重，越治病越多，我给他用了补气的中药，逐渐减西药的量，很短时间，就控制了发作。
    我们还可以这么理解祛邪与扶正的关系：祛邪就是为扶   正，扶正是为了更好的祛邪。